La obtención biotecnológica de compuestos biológicos con interés farmacológico ha adquirido un gran interés debido a que los procesos de síntesis química terminan siendo dispendiosos y contaminantes. El crecimiento del mercado de sabores, fragancias y pigmentos para el uso en alimentos, bebidas, cosméticos y detergentes, requiere nuevas estrategias de producción que no sean nocivas para el medio ambiente. Este cambio de mentalidad se basa en la idea de una nutrición sana, natural y económica, debido a que las fuentes de estos compuestos al ser de origen biológico son menos costosas y de fácil acceso. Los hongos por presentar un alto crecimiento y desarrollo, permiten que a través del metabolismo primario de fuentes precursoras, se logre la obtención de sus metabolitos secundarios, como sustancias de interés industrial por medio de procesos biotecnológicos, lo cual ha generado una alta expectativa en su uso. Como objetivo de esta revisión se pretende acercar al lector a una visión actualizada de numerosas e interesantes posibilidades de bioproducción de sustancias utilizadas en la industria como carotenoide, 6-pentil-á-pirona-2-feniletanol (2-PE) entre otros.