Entre noviembre de 2003 y febrero de 2004 se recopiló información sobre la composición fitoplanctónica y las características físicas y químicas de 10 humedales del altiplano cundiboyacense a fin dedeterminar el estado ecológico en que se encuentran. En cada humedal se tomaron muestras de fitoplancton mediante muestreo directo a 50 cm de profundidad y se midieron variables físicas y químicas. Posteriormente en laboratorio, se realizó la identificación y cuantificación de las algas con el método del microscopio invertido y el uso de claves taxonómicas. Los géneros algales más abundantes y comunes fueron Microcystis y Scenedesmus, y las especies Trachelomonas volvocina y Dactylococcopsis acicularis. El oxígeno registró bajos porcentajes de saturación, mientras que los ortofosfatos presentaron valores altos. Estos resultados biológicos y químicos indican una clara tendencia a la eutrofia y alta materia orgánica en estos cuerpos de agua.