Las relaciones entre empatía y conducta prosocial han estado ampliamente estudiadas desde hace años. Sin embargo, no existen estudios que utilicen estudiantes indígenas y mestizos de una universidad intercultural. El objetivo principal de la investigación fue analizar la tolerancia a la diversidad en relación a la empatía. La muestra estaba formada por 534 indígenas y mestizos, de edades comprendidas entre los 17 y los 22 años. Los resultados mostraron que los estudiantes con una alta capacidad empática eran también más tolerantes. Las chicas puntuaron significativamente superior en tolerancia y empatía que los chicos. Se encuentran diferencias entre indígenas y mestizos y entre universidad intercultural y universidad pública en relación a áreas específicas de la tolerancia a la diversidad.