Se compararon química y microbiológicamente morteros en Bogotá, Villa de Leyva y Barichara. Las muestras se analizaron por espectrometría de absorción y emisión atómica, espectroscopia infrarroja con transformada de Fourier, difracción de Rayos X, microscopía electrónica de barrido y espectroscopia por dispersión de energía. Se realizó el conteo de UFC por el método de diluciones, para luego identificar los microorganismos fúngicos. Se encontraron óxidos de silicio, aluminio, calcio, hierro, magnesio, yeso, weddellita, despuljosita, cuarzo, berlinita, carbonatos, mica, feldespatos, silicatos, sales de nitratos, sulfitos y compuestos orgánicos. Se encontraron partículas irregulares entre 10, 50 y 100 µm y fibras de tipo orgánico de 20 µm. Se identificaron los géneros fúngicos Aspergillus, Penicillium, Alternaria, Fusarium, Mucor y Syncephalastrum. La muestra de Bogotá presentó el mayor número de UFC/mL y humedad relativa a diferencia de Villa de Leyva y Barichara. La mayor presencia de hongos en Bogotá se evidenció por la degradación de la mayoría de los metales identificados. Esta comparación química y microbiológica puede sugerir un plan eficaz de intervención para la eliminación y prevención del biodeterioro y así conservar obras patrimoniales.