Dado que todas las minorías, incluyendo las sexuales, son víctimas de todo tipo de discriminación, es posible que los adolescentes no informen con precisión la orientación sexual sentida. Se acepta que hay diferencias en la frecuencia de comportamiento no heterosexual dependiendo la forma cómo se investiga; sin embargo, hasta la fecha no se ha explorado la concordancia entre estas formas. El objetivo fue determinar la concordancia entre dos formas de investigar la orientación sexual en adolescentes estudiantes de Santa Marta, Colombia. Participaron 3575 estudiantes, 57% mujeres, con media para la edad de 13,6 años (DE=1,9) y para escolaridad, 8,2 años (DE=1,6). La orientación sexual se investigó de dos formas (directa e indirecta). Se usó la prueba de kappa de Cohen determinar la concordancia más allá del azar entre las dos mediciones. La concordancia observada entre las dos mediciones fue 76,8% y la kappa de Cohen, 0,368 (IC95% 0,337-0,399). Se concluye que es baja la concordancia entre dos formas de indagar la orientación sexual. Probablemente, los objetivos de la investigación y las implicaciones de los resultados sean el mejor criterio para escoger la forma de investigar la orientación sexual en un estudio particular.